Träger der Schule ist ein gemeinnütziger Verein, der Schulverein Freie Waldorfschule Cuxhaven e.V. Die Schule wird in kollegialer Selbstverwaltung durch Gremien aus Lehrern, Eltern und externen Vereinsmitgliedern geleitet. Der Verein verantwortet die rechtlichen und wirtschaftlichen Aspekte der Schule.

Alle spezifisch pädagogischen Grundsatzentscheidungen liegen in der Kompetenz des gesamten Lehrerkollegiums. Die Klassenvertreter setzen sich für die Belange der Schule ein und arbeiten mit dem Lehrerkollegium zusammen. Finanziell trägt sich die Schule durch staatliche Zuschüsse, Elternbeiträge und Spenden.